독도는 바닷속에서 솟아난 3개의 해산(海山)으로 연결돼 있고 물에 잠긴 면적까지 더하면 울릉도의 6배 크기인 450㎢에 이른다.

우리가 '독도'라고 부르는 동도와 서도는 제1해산 위로 드러난 아주 작은 부분에 불과하다. 동도와 서도가 있는 제1해산은 바다 밑바닥 지름 25㎞, 상층부 평탄지 지름이 10㎞에 이르고 해저에서 평탄지까지의 높이는 2270ｍ나 된다.

제2·제3 해산도 규모가 비슷하다. 해산 꼭대기 평평한 부분의 깊이는 60~200ｍ 정도. 햇빛이 닿을 수 있는 깊이여서 광합성을 하는 해조류가 많이 자라고 어족자원도 풍부하다.

이 3개의 해산은 500만년 전에서 270만년의 해저 화산활동으로 형성됐다. 약 250만~300만년 전의 화산활동으로 생성된 울릉도에 비해 200만년 이상 빠른 셈이다.

독도는 섬 전체가 화산암 혹은 화산 폭발시 분출된 쇄설성 퇴적암으로 이루어져 있다. 섬 정상부를 제외하면 대부분 화산재와 암석조각들이 쌓여 있고 단층선들이 많아 풍화와 침식에 약한 지질이다.